梁山大曲制曲的本質就是擴大培養釀酒微生物的過程。傳統的制曲是一個敞口作業的過程，采用的開放式的生產操作，自然環境中的微生物，通過控制溫度、濕度、空氣和養分等因素，讓有益于白酒生產的產酒生香微生物在曲坯上生長繁殖的生物轉化過程。

   傳統大曲、小曲中微生物的來源，可歸納為空氣、水、原料、曲母、器具和曲房環境等方面。一般來說，空氣是以細菌為主，原料中以霉菌為主，場地以酵母為主。強化的梁山大曲的制作則是除了從網羅自然環境中的微生物外，還需要接種少量的經純種培養的微生物菌種，通過共生、競爭，讓接入的純菌種占優勢。麩曲是一個純種培養的過程，微生物完全來源于人工接入的種子。